Το πρώτο Αμαλίειον Ορφανοτροφείον στεγάστηκε σε οικία με ενοίκιο στην Πλατεία Ελευθερίας και φιλοξενούσε είκοσι ορφανά, τα οποία φρόντιζε η Μαρία Υψηλάντη.
Στις 6 Ιουλίου 1856 το Αμαλίειον απέκτησε το δικό του οικόπεδο, το οποίο βρισκόταν, κατά την έκφραση των τίτλων ιδιοκτησίας, στη θέση Καλλιρρόη (σημερινή οδό Λυκείου 2 και Στησιχόρου γωνία) και εκεί πραγματοποιήθηκε η ανέγερση μεγάλου κτηρίου, για να μπορεί να ανταποκριθεί στις αυξανόμενες κοινωνικές ανάγκες, αφού ήδη μέσα σε τέσσερα χρόνια ο αριθμός των φιλοξενουμένων είχε ήδη τετραπλασιαστεί. Συγχρόνως με το κτήριο κτίστηκε και Ιερός Ναός για τις θρησκευτικές ανάγκες της κοινοβιακής κοινότητας, αφιερωμένος στους Ταξιάρχες, σύμφωνα με την επιθυμία της Μαρίας Υψηλάντη.
Το 1958 ανεγέρθηκε το Αμαλίειον στη σημερινή του θέση, επί της Λεωφόρου Κηφισίας 219, σε κηρυγμένο χώρο πρασίνου. Διατηρεί στις εγκαταστάσεις του στέγη φοιτητριών – σπουδαστριών με δίκλινα υπνοδωμάτια, ατομικά λουτρά και wc, ειδικούς χώρους για μελέτη, βιβλιοθήκη, αίθουσα Η/Υ, γυμναστήριο, αίθουσα θεάτρου. Ιδιαίτερες αίθουσες για πολιτιστικές και ψυχαγωγικές εκδηλώσεις και για συναναστροφή των οικοτρόφων.
ΙΕΡΟΣ ΝΑΟΣ ΕΙΣΟΔΙΩΝ ΤΗΣ ΘΕΟΤΟΚΟΥ
Στον χώρο που βρίσκεται σήμερα το Αμαλίειον Οικοτροφείον Θηλέων, συνεχίζοντας την παράδοση των Ιδρυτών του, ανεγέρθηκε, το 1958, και ένας νέος Ιερός Ναός. Ο Ναός που εκκλησιάζονται σήμερα οι οικότροφοι είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου και εορτάζεται στις 21 Νοεμβρίου εκάστου έτους. Την ίδια ημέρα τελείται και επιμνημόσυνος δέηση υπέρ Ιδρυτών και Ευεργετών. Το τέμπλο του Ναού έχει αγιογραφηθεί από τον περίφημο αγιογράφο Φώτιο Κόντογλου.
Το Πρόγραμμα του Ιερού Ναού αναρτάται στην Ενότητα Νέα-Ανακοινώσεις.