Το πρώτο Αμαλίειον Ορφανοτροφείον στεγάστηκε σε οικία με ενοίκιο  στην Πλατεία Ελευθερίας και φιλοξενούσε είκοσι ορφανά, τα οποία φρόντιζε η Μαρία Υψηλάντη.

Στις 6 Ιουλίου 1856 το Αμαλίειον απέκτησε το δικό του οικόπεδο, το οποίο βρισκόταν, κατά την έκφραση των τίτλων ιδιοκτησίας, στη θέση Καλλιρρόη (σημερινή οδό Λυκείου 2 και Στησιχόρου γωνία) και εκεί πραγματοποιήθηκε η ανέγερση μεγάλου κτηρίου, για να μπορεί να ανταποκριθεί στις αυξανόμενες κοινωνικές ανάγκες, αφού ήδη μέσα σε τέσσερα χρόνια ο αριθμός των φιλοξενουμένων είχε ήδη τετραπλασιαστεί. Από το 1855 ως το 1954 το Αμαλίειον περιέθαλψε, ανέθρεψε και αποκατέστησε 1966 κορίτσια. Συγχρόνως με το κτήριο κτίστηκε και Ιερός Ναός για τις θρησκευτικές ανάγκες της κοινοβιακής κοινότητας, αφιερωμένος στους Ταξιάρχες, σύμφωνα με την επιθυμία της Μαρίας Υψηλάντη, διότι στις 8 Νοεμβρίου έγινε ο γάμος της με τον Γεώργιο Υψηλάντη.

Το 1958 ανεγέρθηκε το Αμαλίειον στη σημερινή του θέση, επί της Λεωφόρου Κηφισίας 219, σε κηρυγμένο χώρο πρασίνου 58 περίπου στρεμμάτων. Διατηρεί στις εγκαταστάσεις του στέγη φοιτητριών – σπουδαστριών με δίκλινα υπνοδωμάτια, ατομικά λουτρά και wc, ειδικούς χώρους για μελέτη, πολιτιστικές και ψυχαγωγικές εκδηλώσεις και συναναστροφή των φιλοξενουμένων, Bιβλιοθήκη, αίθουσα Η/Υ, Γυμναστήριο και αίθουσα θεάτρου. Από τα 1958 έως και σήμερα 900 περίπου κορίτσια έχουν ευεργετηθεί από την προσφορά του Αμαλιείου και, παρά τη δύσκολη οικονομική συγκυρία, συνεχίζει να επιτελεί το έργο του τόσο στα ίδια τα άτομα όσο και στο κοινωνικό σύνολο.