ΙΕΡΟΣ ΝΑΟΣ ΠΑΜΜΕΓΙΣΤΩΝ ΤΑΞΙΑΡΧΩΝ ΜΙΧΑΗΛ ΚΑΙ ΓΑΒΡΙΗΛ
Οι Ιδρυτές του Αμαλιείου προέβλεψαν και για τον εκκλησιασμό των οικοτρόφων του Ορφανοτροφείου του Αμαλιείου, προκειμένου να αναπτυχθούν τα κορίτσια με την ελληνορθόδοξη παράδοση, αποκτώντας θρησκευτική παιδεία και πίστη, χριστιανική και κοινωνική ανατροφή. Για το σκοπό αυτό ένας ναός ανεγέρθηκε συγχρόνως με τη στέγη του οικοτροφείου, το 1857, μέσα στον ίδιο αύλειο χώρο και αφιερώθηκε στη μνήμη των Παμμεγίστων Ταξιαρχών Μιχαήλ και Γαβριήλ. Η χορωδία, που έψελνε στις θρησκευτικές τελετές, ήταν εκπαιδευμένη με καθαρό βυζαντινό μέλος, αποτελούμενη από τις ίδιες τις οικοτρόφους και συγκέντρωνε επαινετικά σχόλια και το γενικό θαυμασμό, όπως ομολογείται τα τελευταία χρόνια.
Η είσοδός του είναι στην οδό Στησιχώρου 6, στο κέντρο της Αθήνας, πίσω από το Προεδρικό Μέγαρο, όπου κάποτε ήταν και το Οικοτροφείο που είχε είσοδο τότε από την παράπλευρη οδό Λυκείου 2.
Στο Ναό αυτό φυλάσσονται έκτοτε ως Εθνικό Κειμήλιο οι βαλσαμωμένες καρδιές του Αλεξάνδρου και Δημητρίου Υψηλάντη, σε αργυρή και επίχρυση λήκυθο. Ήταν η Πριγκίπισσα Μαρία, σύζυγος του Γεωργίου Υψηλάντη, που υπήρξε η πρώτη Πρόεδρος του Αμαλιείου 1855 – 1864 που φρόντισε να τοποθετηθούν εκεί και να φυλαχτούν οι δύο καρδιές, χωρίς να κοινοποιηθεί το γεγονός. Η τελευταία επιθυμία του Πρίγκιπα Αλέξανδρου Υψηλάντη, Αρχηγού της Ελληνικής Επανάστασης, που φυλακίστηκε από τους Αυστριακούς στον Πύργο Μπουγκάτς και πέθανε στην Βιέννη (19-01-1828), ήταν η καρδιά του να βαλσαμωθεί και να ταφεί στην Ελλάδα. Την τελευταία του επιθυμία πραγματοποίησε ο αδελφός του Γεώργιος που την έφερε και την φύλαξαν στην αρχή στον Ιερό Ναό της Αγίας Ειρήνης το έτος 1832.
Το Αμαλίειον Οικοτροφείον Θηλέων εξακολουθεί σήμερα να έχει την ύψιστη τιμή να είναι ο θεματοφύλακας του εν λόγω Εθνικού Κειμηλίου των δύο αγωνιστών Αλεξάνδρου και Δημητρίου Υψηλάντη, που αγωνίστηκαν για την ελευθερία της Ελλάδος στον Ιερό Αγώνα της Απελευθέρωσης του Έθνους του 1821.