Το Αμαλίειον ουδεμία οικονομική ενίσχυση λαμβάνει εκ μέρους του κράτους. Τα λειτουργικά του έξοδα και οι πάσης φύσεως παροχές προς τις οικοτρόφους, καλύπτονται από την χρηστή διαχείριση της ακίνητης περιουσίας του από τη Διοικούσα Επιτροπή. Η περιουσία του προέρχεται από δωρεές εκ μέρους προσώπων που αναγνώρισαν το κοινωνικό και φιλανθρωπικό έργο του, και την σημασία που είχε αυτό για τη στήριξη, πνευματική ανάπτυξη και κοινωνική ένταξη της Ελληνίδας Γυναίκας.